V roce 2014 vznikla v srdci zahrady expozice Amazonie. Upozornit má na největší ekosystém s nejrozmanitější biodiverzitou na světě.
Amazonie je označení pro geografickou oblast v Jižní Americe, zahrnující povodí řeky Amazonky a jejích přítoků. Jedná se o zalesněnou pánev o rozloze více než 7 milionů km2 na území států Brazílie, Bolívie, Venezuely, Kolumbie, Ekvádoru, Peru, Guyany, Surinamu a Francouzské Guyany. Většinu území Amazonie pokrývá amazonský deštný prales, což je největší tropický deštný prales světa. V okrajových oblastech Amazonie se však objevují i jiné ekosystémy včetně savan, buše zvaného caatinga či cerrado, galeriových lesů nebo horských mlžných lesů.

Voda – dopravní tepna, primáty rozděluje, lidi spojuje
Oblast amazonských pralesů byla člověkem relativně pozdě osídlena. Jedné z největších druhových rozmanitostí na světě dala vzniknout dlouhodobá kontinuita klimatických podmínek v tropických pralesích. Mohutné vodní toky přispěly k vytvoření té obrovské rozmanitosti forem života, pro které jsou nepřekonatelnou překážkou, ale zároveň Amazonii zpřístupnily lidem. Nejnovější archeologické průzkumy potvrzují, že před příchodem Evropanů zde lidé žili jen v malých skupinách, které se přesouvaly z místa na místo a obvykle se zdržovaly blízko řek. Tak, jak je bohatá příroda, je bohatá i škála lidských komunit žijících v této oblasti. Soužití s přírodou a využívání přírodních zdrojů není nikde tak dokonale provázáno jako zde. A proto je tak snadné tyto pavučiny vztahů narušit.
Jedna třetina amazonského pralesa již zmizela z povrchu zemského, zbylé dvě třetiny se ještě dají zachránit? Amazonie dala světu nejen pochoutky známých jmen jako je kakao, papája, ananas, chili papriky, ale pro Evropana i méně známé potraviny, maniok, guaranu či čaj maté, mnoho léků včetně chininu, který mnoha lidem pomáhá v boji s malárií a řadu technických surovin, z nichž dlouhou dobu hýbal světem kaučuk. Odhady hovoří o 190 druzích rostlin s jedlými plody, 20 poskytuje různé oleje a několik set druhů má léčivé účinky. Nekontrolovaná těžba a sběr v průběhu 20. století přivedl několik druhů rostlin až na pokraj vyhubení.
Ze dřeva stromu Aniba rosaeodora, zvaného růžové dřevo, se vyrábí olej, který se používá k výrobě parfémů a byl základem slavného Channel No.5. Přestože vonnou látku se již podařilo vyrobit synteticky a obchod je zákonně omezen jeho těžba v Brazílii pokračuje a ve většině porostů nenajdeme dospělé jedince a ani semenáčky.
K ohroženým rostlinám patří i v současné době velmi populární vilcacora (Uncaria tomentosa). Peruánská vláda již povoluje vývoz jen z plantáží sbírané kůry a kořenů, kterým se přisuzují pozitivní účinky při bolestech zad, zánětech, rakovině i AIDS. V posledním desetiletí jen v Brazílii bylo založeno hned několik genových bank domácích léčivých a aromatických rostlin. Nejlepší ochranou je však zachování původních porostů. V celé Amazonii je vyhlášeno za chráněná území pouze 23,6% z celkové plochy.
Nový domov zde dostala plzeňská kolekce drápkatých opic. Drapkatých proto, že mají místo nehtů na nohou drápky. Nejmenšími z nich jsou kosmani zakrslí (Cebuella pygmaea pygmaea), o něco větší kosmani stříbřití (Mico argentatus), kosmani bělovousí (Callithrix jacchus), lvíček zlatohlavý (Leontopithecus chrysomelas) nebo tamaríni sedloví (Saguinus fuscicollis lagonotus). Přízemí obývají pásovci kulovití (Tolypeutes matacus). Neobvyklí jsou stromoví dikobrazi kuandu (Coendou prehensilis), v noci aktivní hlodavci paky nížinné (Cuniculus paca) či primáti mirikiny bolivijské (Aotus azarai boliviensis). V roce 2019 zde startuje chov kosmanů běločelých  (Callitrix geoffroyi). Z větších primátů zde žijí pak vzácní chvostani bělolící (Pithecia pithecia). Roku 2021 se ze zázemí zoo do expozice poprvé přesunul pár kynkažu (Potos flavus), medvídkovitých šelem s noční aktivitou.
K pavilonu přiléhá průchozí přírodní voliéra, kterou mohou navštěvovat některé z chovaných druhů, jenž se zde po nějaké době vždy střídají. Okolní vegetace se v průběhu roku mění, neboť jsou zde pěstovány různé druhy nejen užitkových rostlin, které nám Amerika dala. Trvalé místo zde dostaly fuchsie. Děti si zde mohou zarybařit a ulovit jednu z největších amazonských ryb. Společenskou chýši představuje tzv. Churuata, která se tyčí nad průchozí voliérou. Na její stavbě se osobně podílel pravý náčelník jihoamerických indiánů z kmene Yekwana, vlastním jménem Eda Cumandi, zvaný Denis.
Svou pozornost zde dostali také Češi, kteří se svou prací v Americe zasloužili o nějaký výjimečný čin. Historicky se jedná o českého etnografa, cestovatele, botanika, fotografa a spisovatele Alberta Vojtěcha Friče, který se zasloužil o největší a nejcennější evropskou sbírku kaktusů. Dalším byl Benedikt Roezl, český cestovatel, zahradník a sběratel rostlin. Na svých cestách mj. objevil, do té doby neznámý druh lilie. Pojmenoval ji Lilium humboldtii. Tadeáš Henke, český botanik, lékař, etnograf, kartograf, cestovatel a objevitel jako první objevil viktorii královskou (Victoria amazonica) a v Čechách roku 1784 jako první vypustil montgolfiéru (horkovzdušný balón). První u pramene Amazonky byl před 300 lety český páter, cestovatel, kartograf Samuel Fritz. Tak tomu bylo až do konce 20. století, než se výzkumem pramenné oblasti začal zabývat další Čech, Prof. RNDr. Bohumír Janský, CSc. Ve dvou výpravách (1999, 2000) celou oblast se svým týmem důkladně prozkoumal a došel k závěru, že řeka Amazonka má v nadmořské výšce 5155 m čtyři pramenné toky.