Roku 1926 oslavil 25. výročí trvání spolek přátel přírody, akvaristů a teraristů IRIS. Za těchto 25 let pravidelně vydával stejnojmenný časopis a v červnu roku 1925 uspořádal výstavu, která měla velký ohlas. Proto ke svému jubileu nadělil sobě i Plzeňanům dárek velmi neobvyklý - zoologickou zahradu. V tehdejším Československu existovala teprve jedna jediná ZOO zřízená německými milovníky přírody v Liberci a profesor Janda v Praze musel vynaložit ještě mnoho úsilí, aby až po dalších pěti letech uspěl v záměru dát ZOO i hlavnímu městu.

Vraťme se však do západočeské metropole, do ZOO v Doudlevcích při řece Radbuze na území bývalé vojenské plovárny. Na spolkových základech s vedením, členskou základnou, stanovami a řádnými valnými hromadami trvala existence ZOO IRIS až do roku 1958. Nejprve se zde ani nevybíralo vstupné, později bylo dobrovolné a nakonec činilo astronomických 50 hal. pro děti a 1 Kč pro dospělé. Zahrada nebyla zdaleka rozsáhlá, její výměra činila necelých 2,5 ha, ale když šla plzeňská rodina do IRISU, strávila zde obvykle v členitém malebném areálu nejméně polovinu dne. Již před válkou se nesměle uvažovalo o jejím přemístění někam do blízkosti Lochotínského pavilonku, ale pouze za předpokladu, že by do těchto míst byla (v zatím mlhavém budoucnu) "městem prodloužena elektrické dráha o 1 km, pak by byla prosperita zaručena..."

Jaká zvířata mohli tehdy návštěvníci vlastně pozorovat? K historicky vůbec prvním chovancům patřili opičky (makakové Šorl a Minda zakoupení roku 1927 za 2000 Kč), šakal a liška. O tom, že lidé pracující v ZOO to nikdy a nikde nemají jednoduché, svědčí fakt, že šakala a lišky museli z příkazu správy plovárny brzy přestat chovat, "ježto prý zapáchají". Základem ZOO se stal, téměř symbolicky vzhledem k budoucnosti zahrady!, skleník s akvárii a terárii. V prvních letech IRISU zde chovali dokonce i vydru (samička Buxi nalezená u Lučence na Slovensku), ale živý inventář se rozrůstal postupně přes srnce, fretky, myši, mývaly, oslíky po medvěda, malpy, lvy a levharta. Po deseti letech, roku 1936, zde bylo na 70 zvířat. Rozhodně jedním z nejvzácnějších obyvatel IRISU byly plaché "antilopy s chobůtkem" - sajgy tatarské. V 50. letech už zahrada chovala i druhy, které se posléze staly součástí i novodobé ZOO - muflony, daňky, pony, pumy, emu, jaky, pakoně, velblouda, rysy, vlky a hyeny.

Roku 1958 se ZOO stává součástí PKO, do té doby existovala na spolkových základech. O čtyři roky později (v neděli 8. 9. 1961) propukl v ZOO anthrax (sněť slezinná), který uspíšil zánik ZOO známé jako IRIS a vznik novodobé plzeňské zoologické zahrady v lochotínském parku roku 1963. Dodnes mnoho autorů nebere v úvahu doudleveckou etapu a ubírá ve svých dílech plzeňské ZOO prvních 37 let historie. Velice významnou se za několik let ukáže skutečnost, že od roku 1961 se na místě bývalé Kodetovy zahrady v těsném sousedství přesídlené ZOO rozvíjí také zahrada botanická.

V říjnu 1963 přivítal západočeský denník Pravda otevření nové ZOO článkem "Až budeme mít žirafu". V ZOO bylo v té době několik prvních voliér a výběhů, upravován byl pavilon Z - domov papoušků, opic a plazů. Zároveň vznikla stálá akvarijně-teraristická výstava (v některých dobách i prodejna) v centru města, zvaná dnes prostě AKVA-TERA. Na Lochotíně se začínalo prakticky od nuly - s pouhými 29 druhy zvířat. ZOO byla nadlouho staveništěm a mnoho provizorií sloužilo dlouhé roky. Více expozic prodělalo řadu kosmetických úprav i zásadnějších rekonstrukcí, do poloviny 90. let však převažovaly mříže, pletiva, beton a kachlíky.

Stavební vývoj probíhal díky nadšení zprvu rychle (před otevřením zde bylo odpracováno 76 896 brigádnických hodin), později bylo vše složitější. Například těsný medvědinec zřízený Škodováky sloužil do roku 1998. V 70. letech vznikly výběhy pro antilopy, záložní skleníky, salaše, voliéry malých dravců, "velbloudinec", dolní africký výběh. Pavilon šelem sloužil od roku 1978.
Významným mezníkem je rok 1981. Za přispění Ing. Josefa Vágnera se slučuje ZOO a sousední botanická zahrada (BZ) v ojedinělý objekt, který nemá v Československu obdoby. Nový objekt vystupuje z PKO a osamostatňuje se.

V polovině 80. let vychází první skutečný průvodce po ZOO. Mluví se v něm o brzkém vzniku medvědího výběhu, expozic žiraf, tlustokožců, pavilonu ptáků, pavilonu opic, bazénu lachtanů a výstavbě horního afrického výběhu. Bohužel byla realizována jen posledně zmíněná akce a většina fotografií pro tuto mystifikující brožuru byla pořízena v ZOO Dvůr Králové nad Labem. Expoziční vývoj ZOO opět ustrnul.

Koncem 80. let vzniká záměr na stavbu velkého skleníku. Budova o rozloze 450 m2 je zpřístupněna roku 1993 s jedinečným složením sukulentů a plazů Madagaskaru, Afriky a Kanárských ostrovů. Počátkem 90. let se začíná zpestřovat druhová skladba a objevovat progresivnější stavební prvky. Nová koncepce vývoje je dána až s generelem po nástupu současného vedení roku 1996. Začínají rekonstrukce nejhorších expozic, preferovány jsou nyní suché a vodní příkopy, ostrovní chov opic, mizí kachlíky a železa, která jsou vystřídána sklem, zkrátka jsou členěny kroky pro přeměnu zastaralé zvěřincové ZOO klecového typu v přírodní biopark. Bylo rozhodnuto pojmout areál jako několik celků reprezentujících světové zoogeografické oblasti, a pokud možno ustoupit od klecí a voliér pro jednotlivé druhy ve prospěch biotopových smíšených zoologicko-botanických expozic s co největší vypovídající hodnotou. Vznikla naučná stezka, objevily se nové expozice, druhy a odchovy. "ZOO - diplomacií" byl z Indonésie, v ČR poprvé, na podzim roku 1997 získán pár nejmohutnějších ještěrů světa - varanů komodských.

V ZOO na Lochotíně se především od počátku začalo bohatě plnit terárium, jeho druhová skladba pak málokdy nemívala nějaký klenot. Postupně se zde vystřídalo mnoho forem krokodýlů, včetně např. krokodýla novoguinejského, Moreletova, bahenního, tomistomy; dlouho zde byli aligátoři američtí. Roku 1980 byl odchován první kajman paraguayský v historii československých ZOO. Chov vzácných aligátorů čínských trvá od roku 1969. Z ještěrů mohli návštěvníci spatřit např. teju žakruarú, oba druhy jedovatých korovců, několik druhů varanů nebo leguána nosorohého. Mezi želvami se krátce objevila i želva sloní, k dlouhodobým exponátům patřila matamata a kajmanky dravé, které se zde rozmnožily, bylo docíleno i odchovu želv bahenních a v poslední době prvoodchovu a opakovaných odchovů želv ostruhatých v ZOO ČR. Mezi zajímavé odchovy hadů patřily anakondy velké, anakondy žluté, krajty tmavé nebo hroznýši kubánští, nejnověji i krajty kobercové. Do druhové skladby se v 90. letech zařadili i madagaskarští hroznýši - psohlavý a Dumerillův, pro AKVA TERA byla sestavena velká kolekce užovek rodu Elaphe.

ZOO Plzeň byla dlouho proslavena především pravidelnými odchovy dvou druhů. Prakticky v této ZOO byly položeny základy českého chovu sovice sněžné a ocelota velkého. Mezi zajímavé dřívější odchovy patří první malí českoslovenští plameňáci z let 1983 a 84 (k nimž se po čtrnáctileté odmlce připojil i umělý odchov), druhý umělý odchov kondora krocanního v republice a několik umělých odchovů hyeny žíhané. V 80. a 90. letech se dále podařily mj. úspěšné odchovy zeber, krajt tygrovitých, amazoňanů modročelých, servalů, vlků hřivnatých, přímorožců šavlorohých a makaků lvích. Tři posledně jmenované druhy jsou již zařazeny do tzv. EEP - Evropských záchranných programů.

Mezi nejzajímavější chovance minulých dob patří také vačice opossum, klokani stepní, kusu liščí, vakorejsek čtyřprstý, tany, poloopice poto, outloni, kočkodani světlobřiší, pásovci, pes hyenovitý, kočky slaništní, medvědi lední, ušatí a baribalové, fret kočičí, ovíječi, kojot, tygr sumaterský, indočínský, indický a ussurijský, serval, karakal, daman kapský, kulan, gazela dorkas, sajga tatarská, kozorožec, adax, buvol kaferský, pratur, několik druhů zoborožců, čáp indický a sedlatý, pelikán kadeřavý, kolekce papoušků alexandrů, labuť zpěvná, kondor velký a krocanovitý, orel mořský a královský a další.