Expozice Česká řeka, otevřená v roce 2008, představuje život v řece Úhlavě – od pramenných oblastí na Šumavě až po klidné nížinné úseky. Jedinečné propojení zoologie a botaniky věrně napodobuje jednotlivá říční prostředí i jejich typickou vegetaci.
Návštěvníci postupně procházejí všemi čtyřmi rybími pásmy českých řek. V horských tocích mohou poznat vranku obecnou nebo ostroretku stěhovavou. Níže po proudu navazuje lipanové a parmové pásmo s druhy, jako jsou lipan podhorní, parma obecná nebo jelec tloušť. V nejklidnějších částech toku, v cejnovém pásmu, žijí například kapři, štiky, sumci a další ryby typické pro nížinné řeky.
Součástí expozice jsou také další obyvatelé českých vodních ekosystémů. Pozornost poutá vydra říční, která patří mezi vrcholové predátory našich řek.
Součástí expozice je také Rybí archa, akvaristická expozice otevřená v roce 2024. V soustavě sladkovodních akvárií představuje drobné ohrožené druhy ryb ze všech kontinentů světa, jejich životní prostředí i příběhy záchrany. Ukazuje, že ochrana druhů nemusí probíhat pouze ve volné přírodě – významnou roli mohou mít i cílené chovy v lidské péči.
